Le Conseil Justice et affaires intérieures (JAI) traite des politiques européennes concernant la lutte contre la criminalité, la coopération judiciaire et policière ainsi que la coopération sur l'immigration, les frontières et les questions d'asile. Le Conseil développe la coopération et des politiques communes concernant diverses questions transfrontières, dans le but de créer un espace de justice à l'échelle de l'UE. Parmi ces questions figurent la garantie des droits fondamentaux, la libre circulation des citoyens, la protection civile, les questions d'asile et d'immigration, les enquêtes communes sur la criminalité transfrontière organisée ainsi que la stratégie de sécurité de l'UE qui inclut la lutte contre le terrorisme, la criminalité organisée, la cybercriminalité et la radicalisation violente.
Une des priorités du Conseil JAI est la lutte contre le terrorisme, par le biais d’un coordinateur de l'UE pour la lutte contre le terrorisme, une fonction instaurée en 2007, ainsi que la lutte contre les combattants étrangers. Dans ce domaine, l'UE élabore actuellement une législation concernant l'utilisation des données des dossiers passagers (données PNR) à des fins répressives. Dans ce contexte, il faut également nommer la réforme de la protection des données comme un volet important.
Le Conseil, qui se réunit deux fois par semestre, donc deux fois sous chaque présidence, est composé des ministres de la justice et/ou des affaires intérieures. Les ministres de la justice traitent de la coopération judiciaire en matière civile et pénale, tandis que les ministres de l'intérieur sont chargés, entre autres, de la gestion des frontières et de la coopération policière. Généralement, le pays à la tête de la présidence tournante organise également une réunion informelle des ministres européens en charge de la justice et des affaires intérieures.
La coopération policière et judiciaire européenne est étayée par un certain nombre d'organes communautaires tels qu'Europol, qui contribuent à assurer un échange efficace des informations entre les polices des divers Etats.
D’autres volets importants sont la gestion des flux migratoires, la protection des demandeurs d’asile illégaux ainsi que la prévention de la migration illégale.
Comme cela a été décidé dans le cadre des traités européens, le Danemark, le Royaume-Uni et l'Irlande ne participent pas pleinement à la mise en œuvre de certaines mesures relevant du domaine de la justice et des affaires intérieures, ou bien leur participation est soumise à certaines conditions.