Le Conseil Affaires étrangères (AFET) se réunit une fois par mois et couvre tous les aspects de la politique extérieure de l'Union européenne, mais aussi de la politique de sécurité et de défense (PESD), du commerce extérieur, de la coopération au développement et de l'aide humanitaire. Il définit et met en œuvre la politique étrangère et de sécurité de l'UE (PESC) sur la base des orientations définies par le Conseil européen. Le Conseil Affaires étrangères se compose des ministres des Affaires étrangères de tous les États membres de l'UE, mais il peut aussi réunir les ministres de la Défense, les ministres chargés du Développement ou les ministres du Commerce extérieur, selon l’ordre du jour.

Le Conseil peut lancer des opérations de gestion de crise de l'UE, tant civiles que militaires. Les opérations militaires sont administrées et financées par le mécanisme Athena. Le Conseil peut également adopter les mesures qui sont requises pour la mise en œuvre de la politique étrangère et de sécurité de l'UE, y compris des sanctions.

Le Conseil Affaires étrangères est présidé de façon permanente par le Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, fonction actuellement exercée par Federica Mogherini. Le Haut représentant est secondé par le Service européen pour l'action extérieure (SEAE). Son rôle est de conduire le dialogue politique avec les pays tiers et est chargé d’exprimer les positions de l’UE dans les organisations internationales. Le Haut représentant de l’Union, qui est également vice-président de la Commission, n’a cependant pas le monopole de la représentation extérieure de l’UE, cette tâche étant également attribuée au président du Conseil européen.

Étant donné qu'il s'agit d'une compétence exclusive de l'UE, le Conseil adopte des mesures de mise en œuvre de la politique commerciale commune de l'UE, conjointement avec le Parlement européen, notamment en ce qui concerne les relations en matière de commerce et d'investissement, les droits de propriété intellectuelle et les investissements étrangers directs.