Dans son travail législatif, le Conseil est assisté de comités et de groupes de travail qui préparent ses travaux et ses décisions. Le Comité des représentants permanents des gouvernements des États membres de l'Union européenne (connu sous le nom de Coreper) en est ainsi la principale instance préparatoire. Composé de représentants des États membres ayant rang d’ambassadeurs des États membres auprès de l'Union européenne et présidé par l'État membre qui assure la Présidence du Conseil, il est chargé de préparer l'ensemble des travaux du Conseil de l'UE, à l'exception de quelques questions agricoles.

Pour ce faire, il s'appuie sur plus de 150 groupes et comités hautement spécialisés qui forment les "instances préparatoires du Conseil". Des instances dont l’existence est soit prévue par les traités (ou par une décision intergouvernementale ou une décision du Conseil), tel le comité de sécurité intérieure, soit instituée par le Coreper lui-même.

Dans le premier cas, ces instances, pour la plupart permanentes, contribuent à la préparation des travaux du Conseil en fournissant des analyses, des rapports et des avis hautement spécialisés. Les groupes et comités institués directement par le Coreper, pour leur part, examinent les propositions législatives, procèdent à des études et effectuent l'ensemble du travail qui sert de base aux décisions du Conseil. Ils traitent ainsi de questions très spécifiques qui vont de la recherche et de l'énergie nucléaire aux fruits et légumes en fonction des sujets abordés par la formation du Conseil dont elles relèvent. Si certains sont créés temporairement pour traiter un dossier particulier, environ une centaine relève d'un secteur donné et se réunit régulièrement.

Le Secrétariat général du Conseil renouvelle par ailleurs régulièrement l'inventaire de ces instances préparatoires.